نجح المركز الفني للفلاحة البيولوجية يوم 21 جويلية 2016 في تجديد شهادة الجودة المندمجة “QSE”  التي تحصل عليها منذ 28 فيفري 2013  مما يجعله أول إدارة عمومية بتونس تتحصل على هذا النوع المندمج من شهادات و تجدّده بعد ثلاث سنوات، وتشمل هذه الشهادة المواصفات العالمية لإدارة نظام الجودة “ISO9001:2008والمواصفات العالمية لإدارة نظام البيئة ISO14001:2004” الموضوعة من قبل المنظمة الدولية للتقييس “الأيزو:ISOكما تشمل المواصفات البريطانية المتعلقة بنظم الصحة والسلامة المهنية “BS-OHSAS:18001:2007“.   وقد تمت هذه المصادقة من قبل هيكل المصادقة “Bureau Veritas” وهو هيكل مصادقة معترف به عالميا ومعتمد من قبل المجلس الفرنسي للإعتماد “COFRAC” ومعترف به في تونس و معتمد من قبل المجلس الوطني للإعتماد “TUNAC” وفقا للمواصفات العالمية “ISO17025“.